日本基督教団原宿教会の起源は、ドイツ改革派教会の流れを汲むアメリカのキリスト同胞教会（The
United Brethren in Christ)が1890年代に開始した日本伝道です。この伝道活動のなかで、1904年7月２日、当時の東京市千駄ヶ谷字原宿で日曜学校が開催されました。
翌年の1905年には、日本基督同胞教会原宿教会（牧野典次牧師）が創立され、1911年には、同胞教会本部の援助を受けて会堂と牧師館が献堂されました。また、幼児教育を重視する同胞教会の伝統を引き継いで、1918年には、幼稚園が開設がされました。
1926年、アメリカのキリスト同胞教会の援助から独立し、1932年には、世田谷伝道所（現世田谷中原教会）を開設しました。
1941年、日本基督同胞教会は新たに設立された日本基督教団の第３部に編入され、日本基督教団原宿教会が成立しました。しかし、1945年には、東京大空襲（５月２５日）により、教会堂、牧師館 など全て焼失しました。
1948年、アメリカ・ノーブ氏夫妻からの令嬢記念献金によって礼拝堂を新築し、献堂式を挙行しました。その後、礼拝堂に接続して、幼稚園園舎や牧師館を増築しました。
1964年、教会創立60周年の記念行事を実施しました。
1982年、神 政三牧師が天に召され、1983年、現在の土橋 晃牧師が就任しました。
1999年、老朽化した幼稚園園舎と牧師館を撤去し、新園舎（牧師館を含む）を建設しました。
2005年9月、新会堂が完成しました。
